Você não foi cobrado a mais: os R$ 6,55 "que faltavam" são o frete do vendedor, descontado dentro do repasse em vez de aparecer como linha separada.
A trilha do dinheiro
| Venda (produto)/orders · data mascarada | R$ 31,48 |
| Tarifa de venda ML/payments · charge ml_sale_fee | −R$ 2,33 |
| Custo de processamento MP/payments · mp_processing_fee + parcelamento | −R$ 1,45 |
| = Líquido oficial do pagamento/payments · net_received_amount | R$ 27,70 |
| Frete do vendedor (Agências/XD)/shipments/…/costs · senders[].cost | −R$ 6,55 |
| Creditado no seu extratorelease report MP · data mascarada | R$ 21,15 |
Por que parece errado: o app mostra "líquido R$ 27,70", mas o extrato credita R$ 21,15. A diferença é exatamente o frete — o Mercado Pago às vezes desconta o frete do vendedor dentro da liberação, sem linha própria. A conta fecha ao centavo.